Yoğurt yapan bakteriler (yoğurt kültürü), iki çeşitten oluşur. Bu yoğurt kültürleri sütü yoğurda çevirmekte, yoğurt içerisinde sürekli yaşamakta ve çalışmaktadır yani fermantasyon dediğimiz olay devam etmektedir. Yoğurttaki ekşiliği özellikle L.bulgaricus adı verilen yoğurt kültürü gerçekleştirmektedir. Beslenme ve Diyet Uzmanı Nilüfer Hakarayan’ın verdiği bilgiye göre, yoğurt kültüründe (mayasında) bu bakteri fazla bir şekilde bulunursa ve yoğurdun mayalanma sürecinde (inkübasyon) sıcakta ve soğukta bekleme süreleri iyi ayarlanamazsa yoğurt ekşir.

Modern ve hijyenik  bir süt işletmesinde  yapılan yoğurtlara kontrolü ve belli ölçülerde yoğurt kültürü katılarak yoğurt mayalanmaktadır. Evde yapılan yoğurtlarda ise mayalama için kullanılan yoğurdun  içerdiği bakteri oranları değiştiğinden ekşime çabuk gerçekleşmektedir. Ayrıca yoğurt kıvamı yoğurdun ekşimesi üzerine etkilidir. Mikroorganizmalar gelişmek için suya ihtiyaç duyarlar. Sulu bir yoğurtta ekşime yapan mikroorganizmalar hızlı bir şekilde gelişir. Modern bir süt işletmesinde  yapılan  yoğurtlarda  kuru madde (sütün içerisindeki suyun uçurularak süt içindeki  su oranının azaltılması ve süt proteininin,süt yağının,mineral maddelerin kalsiyum,magnezyum gibi artırılması) oranı yüksek olduğundan ve yoğurtlar daha kıvamlı olduğundan mikroorganizmalar çok çalışamayacağı için ekşime çok geç olur. Nilüfer Hakarayan “Evde yapılan yoğurtlarda yaklaşık 1 litre sütten 1 kg yoğurt yapılırken modern süt işletmelerinde 1,5-2 litre sütten 1 kg yoğurt yapılmaktadır.Modern süt işletmelerinde yapılan ürünlerde soğuk zincir uygulandığından yoğurtta ekşime çok daha geç olmaktadır.” dedi.